Bon, quelques bonnes nouvelles !
Alors, en parallèle de la concertation pour les shops j'ai continué à bosser sur le serveur. Entre autre avec l'aide de @belfedia .
J'ai fais du coup une transition vers un nouvel environnement, nous n'utilisons plus spigot mais un de ses fork: paperspigot.
Paperspigot est entre autre optimisé et fortement configurable, sans pour autant changer toute la gestion du serveur.
Les résultats sont sans appel:

(trait bleu le crash du au manque d'espace disque, trait vert mise en place de paperspigot)
Une chute drastique de la consommation du CPU !
Les TPS semblent beaucoup plus stables.
On a encore quelques micro-coupures, mais on a une idée et on bosse dessus !
=)